在成吉思汗率领蒙古骑兵征服北亚之后的13世纪，丝绸之路才再度得以畅通，在蒙古铁骑势如破竹的进攻下，这次西征到达德国和波兰，从而形成了包括中国西域、伊朗、俄罗斯在内的空前的大帝国。成吉思汗的子孙忽必烈在中国建立元朝，任用波斯人和维吾尔人作官，此时威尼斯商人马克?波罗绮西域南道到达元朝都城—大都，他回国后写下了著名的《东方见闻录》，其中也介绍了“黄金之岛”日本。
    在马克波罗的书中记录有“牌子”一词，这是元朝皇帝颁发的一种通行证，它可以在蒙古帝国领域内自由旅行。因为蒙古势力抵达西亚，所以在中国与欧洲之间，持有这种牌子的商人可以直接来往进行贸易活动。
此时天主教也传播而来，据说当时作为罗马教皇委派的使者也访问了大都，一百多人还接受了洗礼。但是，蒙古的西征也带来了破坏性的一面，压榨中亚城邦国家，从而导致城市荒废。
    铁木尔帝国与丝绸之路：公元1368年，明朝建立，控制着河西走廊及哈密一带，中亚一带则被控制在自称为成吉思汗后裔的铁木尔帝国手中，铁木尔一生征战，建立了一个东起中国北部边境，南抵印度北部，西至小城邦国家，北至俄国南部的大帝国。铁木尔王朝热心于建设华丽的建筑，表现了对学识和艺术的深刻理解，首都撒马尔汗就是集东西方文化之大成之地。但是，铁木尔帝国在远征中国途中，随着铁木尔君主之死，快速走向衰退，丝路上的游牧民族也由盛至衰，丝路贸易也趋于败落。
    丝绸之路的衰退：关于丝路的衰退，我想有以下几种理由：其一是公元1498年达迦马发现印度洋航线。其二是奥斯曼帝国又占领了东罗马帝国的首都—君士坦丁堡，因此，欧洲与中国的通商便得越来越困难，欧洲不得不寻求新的通商道路，海路顿时引人注目，随着造船技术和航海技术的发展，在安全上和成本上都有较大的益处，丝路由此成为地方贸易的通道，十五世纪以后，丝路对人们来说，已绮成为一片空白之地。
    清代的丝绸之路：公元17—18世纪，天山南路、北路处于准噶尔贵族控制之下。这对建国于中訽的清朝来说是一片难以控制的地区，但是，在乾隆年间，即公元1755—1758年平定了准噶尔贵族叛乱，称此地为“新疆”，并在伊犁设伊犁将军府。此时，为清朝立下功绩的吐鲁番郡主被特许建立了苏公塔，以记其功。清朝还在各绿洲驻有少量军队，并允许其自治，在这种情况下，，不断发生伊斯兰教教徒叛乱，同时勾结俄罗斯军队南下。为了对付这种情况，清朝在新疆设省，并大量移民。辛亥革命爆发后，中原混乱，新疆也处于内乱之中，1949年，新中国成立后，于1955年10月1日建立了新疆维吾尔族自治区。